Skillnad mellan Microarray och RNA Sequencing | Microarray vs RNA Sequencing
Huvudskillnad - Microarray vs RNA-sekventering
Transkriptom representerar hela innehållet av RNA närvarande i en cell innefattande mRNA, rRNA, tRNA, nedbruten RNA och ickedegraderad RNA. Profilerande transkriptom är en viktig process för att förstå cellinsikten. Det finns flera avancerade metoder för transkriptomprofilering. Microarray och RNA-sekvensering är två typer av tekniker utvecklade för att analysera transkriptom. Den viktigaste skillnaden mellan mikroarray och RNA-sekvensering är att mikroarray är baserad på hybridiseringspotentialen hos förutformade märkta prober med mål-cDNA-sekvenser medan RNA-sekvensering är baserad på direkt sekvensering av cDNA-strängar genom avancerade sekvenseringstekniker, såsom NGS. Microarray utförs med förkunskap om sekvenserna och RNA-sekvensering utförs utan förkunskaper om sekvenser.
INNEHÅLL
1. Översikt och nyckelfaktor
2. Vad är Microarray
3. Vad är RNA Sequencing
4. Jämförelse vid sida vid sida - Microarray vs RNA Sequencing
5. Sammanfattning
Vad är Microarray?
Microarray är en robust, pålitlig och hög genomströmningsmetod som används för transkriptomprofilering av forskare. Det är den mest populära metoden för transkriptanalys. Det är en billig metod, som beror på hybridiseringsproberna.
Tekniken börjar med extraktion av mRNA från provet och konstruktionen av cDNA-biblioteket från totalt RNA. Därefter blandas det med fluorescensmärkta förutformade prober på en fast yta (spotmatris). Komplementära sekvenser hybridiserar med de märkta proberna i mikroarrayen. Därefter tvättas och skärs mikroarray, och bilden kvantifieras. Samlad data ska analyseras för att få de relativa expressionsprofilerna.
Intensiteten hos mikroarrayproberna antas vara proportionell mot mängden av transkript i provet. Noggrannheten i tekniken beror emellertid på de konstruerade sonderna, förkännandet av sekvensen och affiniteten för prober för hybridisering. Därför har mikroarraytekniken begränsningar. Microarray teknik kan inte utföras med låg överflödig transkript. Det misslyckas med att skilja isoformer och identifiera genetiska varianter. Eftersom denna metod beror på hybridisering av prober, har vissa problem relaterat till hybridisering, såsom cross-hybridisering, icke-specifik hybridisering etc.sker i mikroarray teknik.
Figur 01: Microarray
Vad är RNA-sekvensering?
RNA hagelgevärssekvensering (RNA seq ) är en nyligen utvecklad hel transkriptom-sekvenseringsteknik. Det är en snabb och hög genomströmningsmetod för transkriptomprofilering. Det kvantifierar direkt uttrycket av gener och resulterar i djup undersökning av transkriptomen. RNA seq beror inte på förutformade prober eller tidigare kännedom om sekvenserna. Därför har RNA seq-metoden hög känslighet och förmåga att detektera nya gener och genetiska varianter.
RNA-sekvenseringsmetoden utförs via flera steg. Totalt RNA i cellen måste isoleras och fragmenteras. Sedan måste man använda ett omvänd transkriptas, ett cDNA-bibliotek. Varje cDNA-sträng måste ligeras med adaptrar. Sedan måste de ligerade fragmenten amplifieras och renas. Slutligen med användning av en NGS-metod måste sekvensering av cDNA utföras.
Figur 02: RNA-sekvensering
Vad är skillnaden mellan Microarray och RNA-sekvensering?
- diff Artikel Middle before Table ->
Microarray vs RNA Sequencing |
|
| Microarray är en robust, pålitlig, hög genomströmningsmetod. | RNA-sekvensering är en exakt och hög genomströmningsmetod. |
| Kostnad | |
| Detta är en billig metod. | Detta är en dyr metod. |
| Analys av ett stort antal prover | |
| Detta underlättar analys av ett stort antal prover samtidigt. | Detta underlättar analys av ett stort antal prover. |
| Dataanalys | |
| Dataanalys är komplex. | Mer data genereras i denna metod; processen är följaktligen mer komplex. |
| Tidigare kännedom om sekvenser | |
| Den här metoden är baserad på hybridiseringsprober, så förkännedom om sekvenser krävs. | Denna metod beror inte på tidigare sekvenskunskap. |
| Strukturella variationer och nya gener | |
| Denna metod kan inte detektera strukturella variationer och nya gener. | Denna metod kan detektera strukturella variationer som gengenerering, alternativ splitsning och nya gener. |
| Känslighet | |
| Detta kan inte detektera skillnader i uttryck av isoformer, så detta har begränsad känslighet. | Detta har hög känslighet. |
| Resultat | |
| Detta kan endast resultera i relativa uttrycksnivåer. Detta ger inte absolut kvantifiering av genuttryck. | Det ger absoluta och relativa uttrycksnivåer. |
| Datareanalys | |
| Detta måste återställas för att kunna analyseras. | Sekvenseringsdata kan omanalyseras. |
| Behov av särskild personal och infrastruktur | |
| Ingen särskild infrastruktur och personal behövs för microarray. | Särskild infrastruktur och personal som krävs genom RNA-sekvensering. |
| Tekniska problem | |
| Microarray teknik har tekniska problem såsom krysshybridisering, icke-specifik hybridisering, begränsad detekteringsgrad för individuella sonder, etc. | RNA seq-teknik undviker tekniska problem såsom krysshybridisering, icke-specifik hybridisering, begränsad detekteringstakten av enskilda sonder, etc. |
| Biases | |
| Detta är en förspänd metod eftersom det beror på hybridisering. | Bias är låg jämfört med mikroarray. |
Sammanfattning - Microarray vs RNA Sequencing
Microarray och RNA-sekvenseringsmetoder är plattformar med hög genomströmning utvecklad för transkriptom profilering. Båda metoderna ger resultat som är högt korrelerade med genuttrycksprofiler. RNA-sekvensering har emellertid fördelar jämfört med mikroarray för genuttrycksanalys. RNA-sekvensering är en mer känslig metod för detektering av låg överflödstranscript än mikroarray. RNA-sekvensering möjliggör också differentieringen mellan isoformer och identifiering av genvarianter. Microarray är emellertid det vanligaste valet av de flesta forskare, eftersom RNA-sekvensering är en ny och dyr teknik med datalagring av utmaningar och komplex dataanalys.
Referenser:
1. Wang, Zhong, Mark Gerstein och Michael Snyder. "RNA-Seq: ett revolutionerande verktyg för transkriptomics. "Naturrecensioner. Genetik. U. S. National Library of Medicine, jan 2009. Web. 14 mars 2017
2. Rogler, Charles E., Tatyana Tchaikovskaya, Raquel Norel, Aldo Massimi, Christopher Plescia, Eugeny Rubashevsky, Paul Siebert och Leslie E. Rogler. "RNA-expressionsmikroarrays (REMs), en hög genomströmningsmetod för att mäta skillnader i genuttryck i olika biologiska prover. "Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 01 jan 2004. Web. 15 mars 2017
3. Zhao, Shanrong, Wai-Ping Fung-Leung, Anton Bittner, Karen Ngo och Xuejun Liu. "Jämförelse av RNA-Seq och Microarray i transkriptomprofilering av aktiverade T-celler. "PLOS ONE. Public Library of Science, jan. 2014. Web. 15 mars 2017
Image Courtesy:
1. "Tidning. pcbi. 1004393. g002 "Av Malachi Griffith, Jason R. Walker, Nicholas C. Spies, Benjamin J. Ainscough, Obi L. Griffith - (CC BY 2. 5) via Commons Wikimedia
2. "Microarray" Av Bill Branson (Fotograf) - National Cancer Institute (Public Domain) via Commons Wikimedia
