Skillnad mellan siRNA och shRNA | shRNA vs siRNA

shRNA mot siRNA

under processen med RNA-interferens (RNAi) uttrycks uttrycket av en målgen med hög specificitet och selektivitet. RNAi är en naturlig process och involverar små interfererande RNA (siRNA) och kort hårnål RNA (shRNA) och bi-funktionell shRNA. För närvarande används RNAi ofta som ett verktyg för personlig cancerbehandling. Applikationerna av RNAi görs i grunden med de kemiskt syntetiserade dubbelsträngade siRNA- och vektorbaserade shRNA-molekylerna. Även om dessa två molekyler har liknande funktionella utfall, skiljer de sig i deras struktur; sålunda skiljer sig också de molekylära mekanismerna för verkan, RNA-vägarna och off-mål-effekterna av dessa två molekyler.

shRNA

shRNA är en sekvens av liten RNA-molekyl som gör en hård hårnålsvridning som kan användas för att tysta ett målgenuttryck under RNAi. Uttryck av shRNA uppnås med en vektor, som kan vara antingen ett virus eller en bakterie eller genom att man levererar plasmider. De syntetiseras i cellens kärna och transporteras till cytoplasman för vidare processer. Dessa molekyler har liknande mognningsvägar för miRNA; Således har syntesen av miRNA gett grunden för förståelse av shRNA-syntes. Antingen RNA-polymeras II eller III kan transkribera shRNA genom RNA-polymeras II eller III-promotorer. Fördelen med användningen av shRNA är att de har en relativt låg grad av nedbrytning och omsättning. Nackdelen är att den behöver en expressionsvektor som kan orsaka vissa säkerhetsproblem.

siRNA

siRNAs är dubbelsträngade RNA-molekyler bestående av 20-25 baspar i längd. Dessa används för genundertryckning genom att tysta någon gen med komplementär nukleotidsekvens i RNAi-vägen. Genknockdown genom transfektion av siRNA är ofta misslyckad på grund av den övergående effekten; speciellt i snabbt delande celler och undertryckningen varar inte längre. För att övervinna denna fråga modifieras siRNA genom att införa en kort hårnålstruktur. Denna modifierade molekyl då känd som shRNA. shRNA bör omvandlas till siRNA av en Dicer för att kunna fortsätta sin normala funktion.

Vad är skillnaden mellan shRNA och siRNA?

• Till skillnad från siRNA har shRNA en extra hårnålstruktur. shRNA är en modifierad version av siRNA.

• shRNA kräver en expressionsvektor, medan siRNA inte.

• shRNA kan användas för långsiktig knockdown medan siRNA kan användas endast för kort siktning av gener.

• Till skillnad från gen-undertryckningen av siRNA är undertryckningen av shRNA långvarig och om den införs via en lämplig viral vektor kan den producera permanenta genavstängningseffekter.

• Dicer krävs för att konvertera shRNA till siRNA-molekylen för att kunna utföra sina normala funktioner.