Skillnad mellan Exome och Transcriptome | Exome vs Transcriptome

Huvudskillnad - Exome vs Transcriptome

En gen innehåller kodnings- och icke-kodande regioner inom den. Kodningssekvenser är kända som exoner, och icke-kodande sekvenser är kända som introner. Nukleotidsekvensen hos exonen hos en gen representerar genens genetiska kod för att syntetisera det specifika proteinet. Därför kvarstår exoner i mRNA-molekylen. Genets totala exonregion är känd som exom, och det är en viktig del av genomet. Genens genetiska kod omvandlas till den genetiska koden för mRNA-molekylen, som behövs för produktion av protein. Hela mRNA-molekylerna transkriberade i en cell eller en cellpopulation vid en tidpunkt är känd som ett transkriptom. Den viktigaste skillnaden mellan exome och transkriptom är att

exome representerar sekvenserna av exonregionerna av genomet medan transkriptomen representerar det totala mRNA av en cell eller en vävnad vid en given tidpunkt.

INNEHÅLL

1. Översikt och nyckelfaktor

2. Vad är Exome

3. Vad är Transcriptome

4. Jämförelse vid sida vid sida - Exome vs Transcriptome

5. Sammanfattning

Vad är Exome?

Gener består av exoner, introner och regulatoriska sekvenser. Exoner är genregionerna som transkriberas till mRNA-sekvensen under transkriptionen. Introns och andra icke-kodande regioner avlägsnas under transkriptionen. Nukleotidsekvensen av exoner bestämmer genens genetiska kod som syntetiserar det specifika proteinet som kodar. Endast exoner förblir inom mRNA av ett protein. Samlingen av exoner i genomet är känd som exom av en organism. Det representerar en del av genomet som uttrycks i gener. Hos människor exome redovisar 1% från genomet. Det är den proteinkodande delen av det humana genomet.

Figur 01: Exome

Vad är transkriptom?

Transkriptomen är samlingen av alla proteinkodande och icke-kodande transkript (RNA) i en given vävnad. Transkriptom representerar samlingen av totala mRNA-molekyler uttryckta av generna i en cell eller en vävnad. Transkriptomen hos en cell kan varieras med transkriptomen av en annan celltyp. Transkriptomet är också dynamiskt - det ändras med tiden som svar på både interna och yttre stimuli. Även inom samma vävnad eller inom samma celltyp kan transkriptom förändras efter några minuter.

Transkriptomen skiljer sig från exome hos en organism. Transcriptome innefattar endast de uttryckta exom-sekvenserna.Även om exem av en cell förblir densamma skiljer sig transkriptomen mellan celler eftersom genuttryck inte är samma för alla celler eller vävnader. Endast viktiga gener uttrycks i olika celler och vävnader. Genuttryck är en specifik process för vävnad eller celltyp. Det regleras av olika faktorer, inklusive miljöfaktorer. Därför kan transkriptom variera med yttre miljöförhållanden.

Transcriptome används som en föregångare för proteomikstudier. Alla proteiner härrör från mRNA-sekvenser. Översättningsändringar kan resultera i förändringar i proteiner. Transkriptom ger emellertid viktig grundinformation för proteomstudierna.

Figur 02: Transcriptom av embryonala stamceller

Vad är skillnaden mellan Exome och Transcriptome?

- diff Artikel Middle before Table ->

Exome vs Transcriptome

Exome är samlingen av proteinkodande region i generna.
Transcriptome är samlingen av allt transkriberat RNA inklusive mRNA.	Prov
Exome studeras med DNA-prov.
Transcriptome studeras med användning av ett RNA-prov.	Studiemetod
Hela exom sekvensering är metoden att studera exome.
RNA-sekvensering är metoden för att studera transkriptom.	Sammanfattning - Exome vs Transcriptome

Exons är genens kodningssekvenser och bestämmer proteinernas mRNA-sekvenser. Samlingen av dessa kodande sekvenser (exoner) är känd som exom av en organism. Gener transkriberas till mRNA-molekyler före framställningen av proteiner. De totala mRNA-molekylerna hos en cell eller en vävnad vid vilken tidpunkt som helst är kända som transkriptom. Transcriptome representerar de gener som aktivt uttrycks i mRNA vid vilken tidpunkt som helst. Transcriptome är cell- och vävnadsspecifik och påverkar miljöförhållandena. Detta är skillnaden mellan exome och transkriptom.

Referenser:

1. Sarah et al, "Target Capture and Massively Parallel Sequencing of Twelve Human Exomes. " Natur. U. S. National Library of Medicine, 10 september 2009. Web. 01 april 2017

2. Mutz et al. "Transcriptome analys med användning av nästa generations sekvensering. "Elsevier: Artikel Locator. N. p., September 2012. Web. 01 april 2017

Image Courtesy:

1. "Transkriptomen av pluripotenta celler" Av Grskovic, M. och Ramalho-Santos, M., The pluripotent transcriptome (10 oktober 2008), StemBook, red. Stamcellsforskningsgemenskapen, StemBook, doi / 10. 3824 / stembook. 1. 24. 1, // www. stembook. org. - [1] DirectStemBook Figur 2 Transkriptomen av pluripotenta celler. Grskovic, M. och Ramalho-Santos, M., den pluripotenta transkriptomen (10 oktober 2008), StemBook, red. Stamcellsforskningsgemenskapen, StemBook, doi / 10. 3824 / stembook. 1. 24. 1, (CC BY 3. 0) via Commons Wikimedia