Skillnad mellan Blast och Fasta
Blast vs Fasta
Blast och Fasta är två mjukvaror som används för att jämföra biologiska sekvenser av DNA, amino syror, proteiner och nukleotider av olika arter och leta efter likheterna. Dessa algoritmer var skrivna med hänsyn till hastigheten eftersom eftersom databankens databank svällde när DNA isolerats i laboratoriet av forskarna i mitten av 1980-talet uppstod det ett behov av att jämföra och hitta identiska gener för fortsatt forskning med hög hastighet. Blast är en akronym för Basic Local Alignment Search Tool och använder lokaliserad metod när man jämför de två sekvenserna. Fasta är en mjukvara som kallas snabb A där A står för alla eftersom den fungerar med alfabetet som Fast A för DNA-sekvensering och Fast P för protein. Både Blast och Fasta är väldigt snabba när man jämför någon genomdatabas och är därför mycket lönsam både monetärt och tidsparande.
Blast
Ett av de mest använda bioinformatikprogrammen Blast utvecklades 1990 och sedan dess har det varit tillgängligt för alla på NCBI-webbplatsen. Denna programvara kan nås av någon och kan ändras enligt behov. Blast är den programvara där inmatningsdata för en sekvens som ska jämföras är i Fasta-format och utgångsdata kan erhållas i vanlig text, HTML eller XML. Blast fungerar på principen att leta efter lokaliserade likheter mellan de två sekvenserna och efter kort notering de liknande sekvenser som det söker efter likhetsområden i närheten. Programvaran söker efter ett stort antal liknande lokala regioner och ger resultatet efter att ett tröskelvärde uppnåtts. Denna process skiljer sig från tidigare mjukvara där hela sekvensen söktes och jämfördes vilket tog mycket tid. Blast används för många ändamål som DNA-kartläggning, jämförande av två identiska gener i olika arter, vilket skapar fylogenetiskt träd.
Fasta
Fasta program skrevs i 1985 för att endast jämföra proteinsekvenser, men modifierades senare för att utföra sökningar på DNA också. Fasta programvara använder principen att hitta likheten mellan de två sekvenserna statistiskt. Denna programvara matchar en sekvens av DNA eller protein med den andra genom lokal sekvensinriktning. Det söker efter lokal region för likhet och inte den bästa matchningen mellan två sekvenser. Eftersom den här mjukvaran ibland jämför lokaliserade likheter kan det komma till en felaktig matchning. I en sekvens tar Fasta en liten del känd som k-tuples där tuple kan vara från 1 till 6 och matchar med k-tuples av andra sekvenser och när ett tröskelvärde för matchning uppnås kommer resultatet upp. Det är ett program som används för att korta prognoser för matchande sekvens från ett stort antal för fullständig jämförelse eftersom den är mycket snabb.
|
I korthet: Blast vs Fasta • Blast är mycket snabbare än Fasta. • Blast är mycket mer exakt än Fasta. • För nära matchade sekvenser Blast är mycket exakt och för olik sekvens Fasta är bättre mjukvara. • Blast kan modifieras enligt behov men Fasta kan inte modifieras. • Blast måste använda Fasta-ingångsformat för att få utdata. • Blast är mycket mer mångsidig och används allmänt än Fasta. |
